Als Fachgesellschaft für Medizinethik hat sich die AEM zum Ziel gesetzt, den öffentlichen wie auch den wissenschaftlichen Diskurs über ethische Fragen in der Medizin, der Pflege und im Gesundheitswesen zu fördern und für die Interessen des Faches Medizinethik einzutreten.

Zu den Aufgaben der AEM zählen u.a.:

• Herausgabe der Fachzeitschrift „Ethik in der Medizin" (Springer Verlag)
• Betrieb der Mailingliste „AEM aktuell“
• Durchführung von wissenschaftlichen Tagungen und Workshops
• Einrichtung von Arbeitsgruppen zu aktuellen medizinethischen Themen
• Förderung des wissenschaftlichen Nachwuchses (z. B. Nachwuchspreis "Ethik in der Medizin", Advents-Workshop „Einführung in die Medizinethik“)
• Vertretung der Medizinethik innerhalb der AMWF
• Benennung von Mandatsträger*innen bei der Entwicklung medizinethisch relevanter Leitlinien
• Förderung und Qualitätssicherung der Ethikberatung im Gesundheitswesen (z. B. Veröffentlichung von Stellungnahmen und Empfehlungen, Qualifizierungsangebote für Ethikberatung, Zertifizierung für Ethikberatung im Gesundheitswesen)
• Betrieb der Informations- und Dokumentationsstelle Ethik in der Medizin (in Kooperation mit der Abteilung Ethik und Geschichte der Medizin der Universitätsmedizin Göttingen)